Bingo

Bingo : Bases de données INductives et GénOmique

Description du projet

La communauté en extraction de connaissances dans des bases de données (ECBD) s'accorde sur l'absence de cadres théoriques consensuels pour ce domaine.

Une recherche en amont sur de tels cadres est pourtant indispensable à l'évolution des méthodes et outils d'extraction de connaissances. L'une des pistes prometteuses est le cadre des bases de données inductives (BDI). Il a été développé notamment au sein du projet cInQ FET IST-2000-26469. Il s'agit de considérer les processus ECBD comme des processus d'interrogations, i.e., des séquences de requêtes, qui exploitent les données mais aussi les motifs et les modèles qui peuvent en être extraits. Les requêtes devant fournir motifs et/ou modèles sont appelées requêtes inductives et elles sont l'expression déclarative des contraintes que motifs et/ou modèles doivent vérifier.

Ce projet (nommé Bingo) propose de développer le cadre BDI en s'attaquant à plusieurs verrous scientifiques comme (a) l'optimisation de l'évaluation de requêtes inductives complexes, (b) les usages multiples des motifs pour la construction de modèles, (c) l'utilisation de ressources textuelles associées à l'exploitation de telles requêtes, et (d) le prototypage d'une BDI pour la mise en oeuvre de scénarios ECBD non triviaux allant du traitement des données brutes à la mise à disposition de connaissances.

Notons que, dans les applications visées, le volume des motifs extraits peut être énorme. Selon le cadre BDI, il faut permettre l'exploitation de ces motifs et il y a ici un véritable défi au regard des technologies bases de données aujourd'hui disponibles. Nous considérons que les problèmes ouverts ainsi posés peuvent être étudiés via des applications à l'ECBD en génomique. Nous proposons donc un partenariat de trois équipes d'informaticiens ayant des expertises en ECBD complémentaires et d'un laboratoire de biologie moléculaire. Ce dernier jouera un rôle essentiel dans la validation des concepts, méthodes et outils développés.

Coordinateur du projet

CREMILLEUX Bruno - Groupe de REcherche en Informatique, Image, Automatique et Instrumentation de Caen (GREYC), UMR 6072 CNRS, Université de Caen, ENSI Caen

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